健診事後面談をしているが、地方拠点など本社以外に事業場が多数ある。 遠方の従業員に対して、（先生個人の）携帯電話から面談しても問題ないか？

私用の携帯から架電した場合、従業員へ先生の電話番号が知られてしまう、通話にかかった料金換算の管理が難しい（企業へ請求する額）、先生の時間外業務が発生してしまう等の問題があり望ましくありません。
また、電話だけでは相手の反応や表情など読み取れないため、Skype等の電話会議システムを利用すると良いでしょう。
「情報通信機器を用いた面接指導について」の厚生労働省から文書があります。