健康診断結果報告書について、医療機関ごとに用紙を分けたほうがよいのでしょうか。

各事業所ごとに1枚にまとめて記載すれば問題ありません。
医療機関が書ききれない等の場合には、別紙に記載して合わせてご提出ください。