複数の医療機関で受診している場合は合算して記入する必要がありますか。 個別に医療機関で受診している場合、健診結果を把握しづらいため、報告書の人数に入れなくても問題ないでしょうか。

複数の医療機関で受診している場合には、すべてを合算して健診結果報告書に記入します。
また、個別に医療機関を受診している場合にも、企業には健診実施後の記録の保存や所轄の労働基準監督署への健診結果報告書の提出義務があるため、従業員に健診結果の提出を求め、健診結果報告書の人数に合算して記入する必要があります。
個別に医療機関を受診している場合の健診結果の把握方法についてですが、健診結果を「本人交付用」と共に、事業者の控えである「事業者用」を医療機関から提供してもらえるよう手配されることをお勧めします。