産業医の先生と一度しかお会いしていませんので、実際の面談の流れのイメージができません。初回は面談実施はせずに、今後についての確認などを行う時間にしたほうがよろしいでしょうか。

初回訪問時には希望者以外の面談対象者の選定方法や実施方法の確認、年間計画の確認、職場巡視実施の確認（留意点の確認、共有）など打ち合わせにあてていただくことは有効です。
もし先生とのすり合わせをしてからの面談実施でないと不安であれば、訪問時間の中でまず30分程先生と打合せのお時間をとっていただき、その後面談をしていただくのはいかがでしょうか。
また、産業医と面談スケジュールを調整する際には、面談実施後に産業医からのフィードバックを受ける時間をあらかじめ設定ください。