近隣の病院から医師に来社してもらい、事業場内でインフルエンザ予防接種を実施する予定ですが問題はないでしょうか。

違法行為ではありませんので、予定通り実施していただいても問題ありません。
本来的には、医療行為は病院で行うべきとされており、予防接種も病院で行うことが推奨されていますが、「巡回診療」という扱いで企業内や施設内での接種が行われています。