抗がん剤治療中の社員が、主治医から健康診断を受けないほうがいいと指示され、受けないと言っています。この社員にどう対応すればよいでしょうか。

年齢により健診で省略できる項目はありますが、がん治療中の者に対して健康診断自体を省略することを認める法律はありません。
そのため、基本的には法定項目をすべて受けてもらう必要があります。
ただし、特別の事情で健診受診を拒否している場合、会社が強制することもできません。
健診受診ができない正当な理由の記載がある診断書および本人の念書を提出してもらい会社が保管していれば、労働基準監督署としては違反として指摘することはまずないでしょう。
もし可能であれば、受診先の検査項目の中に健診法定項目と重複するものがあれば、その結果を出してもらうなどご本人とよく話し合うことをお勧めします。