産業医面談の実施する場所として想定しているのは、扉の一部が透明なガラス素材で中が見えてしまう会議室なのですが、問題はないでしょうか。

産業医面談については、対象従業員のプライバシー保護に十分な配慮をする必要があります。
①　面談中のやりとり（会話）が漏れない（聞こえない）こと
②　産業医面談を受けている人物が外から確認できないこと
この2点には最低限配慮が必要ですので、ガラス素材で室内の様子が見えてしまうようであれば、パーテーションで目隠しをする等の配慮をしましょう。