工場ではない事業場（オフィス機能のみ）なのですが、衛生管理者の免許を取得する場合には二種を取得すれば問題ありませんか。

オフィス機能のみの事業場環境であれば衛生管理者二種を取得いただければ問題ありません。
しかし、仮に工場等化学薬品を扱う事業場に転勤する可能性がもしありましたら、衛生管理者一種を取得されることをおすすめします。