復職に向けたプログラムを行い、その結果を踏まえて復職の可否を判断したいが、プログラムの作成を産業医の先生にお願いできますか。

産業医に、プログラム作成について相談いただくことは可能です。
しかし、復職に向けたプログラム作成については、基本的には企業の就業規則等に沿って作成していただくものです。
復帰する部署や出勤時間、給与面等をどのような扱いにするか等、最終決定は企業が行う必要があります。
そのため、企業である程度の草案を作成し、先生から専門家としての意見を聴くという流れをお勧めいたします。
以下をご参考にしてください。
・　厚生労働省、中央労働災害防止協会「改訂　心の健康問題により休業した労働者の職場復帰の手引き」
http://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/anzen/dl/101004-1.pdf
・　衛生委員会ハンドブック「休職・復職に対する支援～後編：復職時の対応～」
http://aneiho.com/iinkai/%E4%BC%91%E8%81%B7%E3%83%BB%E5%BE%A9%E8%81%B7%E3%81%AB%E5%AF%BE%E3%81%99%E3%82%8B%E6%94%AF%E6%8F%B4%EF%BD%9E%E5%BE%8C%E7%B7%A8%EF%BC%9A%E5%BE%A9%E8%81%B7%E6%99%82%E3%81%AE%E5%AF%BE%E5%BF%9C%EF%BD%9E