妊娠中の従業員が健診を受けようとした際、妊婦であることを理由に、医療機関から受診を断られました。 これは、妊娠中は労働安全衛生法上の健診は受けられないということなのでしょうか。 この病院の対応は適切なのか教えてください。

産休の時期にあたらないのであれば、基本的には妊娠中も健康診断の受診義務から除外されることはありません。
「妊娠中に検査を受けられない」と医療機関が受診を拒んだ具体的な理由はわかりませんが、考えられる理由として、受けられる検査項目に制限が出てしまうことを、懸念してのことなのかもしれません。（レントゲン△、腹囲除外、採血項目の一部に正確な数値が反映されない、等）
労働安全衛生法上、妊婦の健診を制限する規定はありませんので、医療機関を変えて改めてお申込みをご検討されてはいかがでしょうか。