雇入時健康診断を実施した場合、実施後1年間は定期健康診断を省略することができるとしていますが、逆に入所後間もない時期に定期健康診断がある場合、雇入時健康診断を省略することはできるのでしょうか。

入社後間もない時期に健康診断が行われる場合でも、雇入時健康診断を省略することは認められていません。
理由としては、雇入時の健康診断は、一部の項目を省略できる定期健康診断と異なり、定められた法定11項目すべてについて健康診断を行う必要があるためです。
雇入れ時の健康診断を行っていただき、実施後1年間の定期健康診断を省略するという方法がよいでしょう。