欠勤している従業員がいるのですが、主治医からは現段階では診断書は出せないと言われてしまっています。今の状況で本人に産業医面談を依頼しても問題ないでしょうか。

まだ主治医の判断が出ていない状況ではあるため、ご本人の心身の状況や面談についての意向を確認することが望ましいでしょう。
特にメンタル面の不調であれば、面談の打診や実施により、本人がプレッシャーやストレスを感じる可能性もあるため注意が必要です。
症状が落ち着いてきているようであれば、産業医訪問の日に出社していただき、体調や就業判断については産業医の意見を聞き、客観的な事実や就業規則に則って対応することが重要です。