健康診断結果に基づいた一部の従業員との面談を予定しているのですが、対象人数が多く、優先順位をつけて面談を設定する予定です。選定する際のポイントを教えてください。

総体的にみて判断することが必要となります。
まず、実際に健診結果を見てくださった産業医に優先順位があるかご確認していただきたいと存じます。
特に優先順位がないとのことでしたら担当者さまが気になる方（残業が多い、体調が悪そうなど）から面談を受けていただくというのはいかかでしょうか。